В статье проведен сопоставительный анализ генеалогической структуры племенного поголовья ярославской породы Вологодской области по данным 2005 и 2018 годов. Установлено, что в результате скрещивания с голштинской породой в генеалогической структуре племенного стада ярославской породы произошли значительные изменения. Доля животных, принадлежащих к линиям ярославской породы, уменьшилась со 100% до 35,3%. В генеалогическую структуру современной популяции добавились 3 линии голштинской селекции - Рефлекшн Соверинг 198998, Вис Бэк Айдиал 1013415, Монтвик Чифтейн 95679. Результаты исследования показали, что скрещивание не ухудшило качественные показатели молока коров ярославской породы, но в то же время, отразилось отрицательно на продолжительности использования животных. Авторы считают, что для сохранения ценного генофонда необходимо получение нового поколения чистопородных быков ярославской породы с более высоким потенциалом продуктивности.